GenNext dizileme verilerinin yüklenmesi için kullanıcı dostu bir ara yüze sahiptir. Önce hesaba giriş yapılır ve “Run” kısmına gelinir. Analiz için kullanımınıza açık “node/edge” seçimi yapıldıktan sonra platform bağlantınızı gerçekleştirecektir. Yönlendirildiğiniz ekranda “Sample Name” ve “Process Type” girildikten sonra ilgili alana uyumlu formattaki dosyanızı yüklenir. Platform, yükleme tamamlandıktan sonraki adımlar için sizi yönlendirir.
GenNext’te kullanılan analiz akışları ham verileri (.fastq uzantılı) ve referans genoma hizalanmış BAM (.bam uzantılı) dosyalarını girdi olarak kabul etmektedir. Yüklenen verinin tipine göre GenNext analiz akışı uygun adımdan verinin işlenmesine başlar ve devam eder. Platform aynı zamanda anotasyona hazır varyant dosyalarını (VCF, .vcf uzantılı) da akışa alır. GenNext, kullanıcı tarafından platforma yüklenen ve endüstri standartlarına uygun her veri için dosya tipi tespiti yapar ve ardından gerekli işlemleri uygular.
Veri yüklenirken karşılaşılan uyarıların sebebi yüklemek istediğiniz dosyaların uyumsuz olmasından kaynaklı olabilir. (detaylar için see GenNext:file upload document-LİNK) Yüklemek istediğiniz dosyaların uygun formatta ve doğru olduğundan emin olduktan sonra yüklemeyi gerçekleştirebilirsiniz. Eğer BAM dosyası ve VCF dosyası yüklemek istiyorsanız, dosya yükleme ekranındaki ilgili alanda dosyanın tipini belirten kutucuğu işaretlemeyi unutmayın. Platform, kutucuk işaretlenmediği takdirde yüklenen dosyaların ham veri olarak kabul edilmesi üzerine programlanmıştır. Tüm bu adımları gerçekleştirmenize rağmen hala sorunla karşılaşıyorsanız destek ekibimizle iletişime geçebilirsiniz.
GenNext platformunda, GenNextCloud kullanılması halinde üyelik süresi boyunca ham veriler ve BAM dosyaları 3 ay süreyle muhafaza edilir. Üç aylık sürenin bitimine yakın kullanıcı, verilerine platform üzerinden erişiminin biteceğine dair bilgilendirilir. Yüklenen veya GenNext analiz akışı ile oluşturulan VCF dosyalarının muhafazası için ise süre sınırı bulunmaz.
Kullanıcı üyelik bitiş tarihinden itibaren bir aylık süre zarfı boyunca VCF dosyalarına ve gerçekleştirilmiş analizlere erişim sağlayabilir. Belirlenen sürelerin bitimine yakın kullanıcı konu hakkında bilgilendirilir.